С начала 1990-х помощь Японии Курилам была значительной: тогда в Японии работала даже специальная комиссия по оказанию гуманитарной помощи Южным Курилам.

Японцы успели построить на Курилах за свой счет три дизельные электростанции, Дом дружбы на Кунашире, поликлинику и начальную школу на Шикотане, подарили два самоходных плашкоута. На острова поставлялось медоборудование, детское питание, мука, сахар и масло. Ежегодно на восстановление Курил выделялись несколько миллионов долларов.

В 2002 году влиятельный парламентарий, ответственный за развитие японско-российских отношений Мунэо Сузуки попал в опалу, был обвинен в нецелевом использовании «курильских денег» и в 2004 году приговорен к двум годам лишения свободы с отсрочкой. В связи с подозрениями в масштабном хищении средств комиссия была ликвидирована, масштабы помощи Курилам резко сократились, а строительство крупных проектов на островах Итуруп, Кунашир и Шикотан приостановлено.

В последние годы суммы гуманитарной поддержки Японией были символические – около $100 тыс. ежегодно. Так, в декабре 2005 года в Курильский и Южно-Курильский районы из Японии была доставлена гуманитарная помощь (39 т продовольствия, 1 т медикаментов) на сумму $125 тыс. В 2004 году стоимость выделенных японской стороной продуктов питания, медикаментов и других товаров составила $117 тыс.

Именно мука, масло и мелочи вроде одноразовых шприцев всегда вызывали недовольство российских политиков, которые считали оскорбительным получать «подачки» от Японии.

Последняя попытка гуманитарной помощи была предпринята японцами в январе 2009 года и обернулась скандалом. Внушительная делегация везла лекарства и продовольствие на сумму около $125 тыс., но в порту ее встретили с требованиями оформить миграционные карты. Японцы восприняли это как скрытую попытку навязать получение въездных виз и нарушение прежних договоренностей, оскорбились, отказались выгружать привезенные ящики на берег, развернулись и покинули Курилы. Эти медикаменты не доставлены до сих пор.

Демонстративный отказ от японской помощи произошел вскоре после российско-японского межпарламентского скандала, когда сначала японский сенат принял закон «О северных территориях», признающий Курилы «исконно японскими территориями», а южнокурильские чиновники острова Итуруп в ответ отменили безвизовый режим курильчан с Японией.