Георгий Филиппович Байдуков родился в рабочей семье. Рано ушел из дома и начал трудовую деятельность строителем на Сибирской железной дороге. После окончания железнодорожного училища в 1926 году добровольцем вступил в Красную Армию и начал службу в ВВС. С 1930 года служил в НИИ ВВС вместе с Валерием Чкаловым.

В 1930-е годы Георгий Байдуков принял участие в нескольких рекордных перелетах. В 1935 году в составе экипажа под руководством Леваневского участвовал в попытке перелета по маршруту Москва – Северный полюс – Сан-Франциско (США), а в следующем году в качестве второго пилота совершил вместе с Валерием Чкаловым и Александром Беляковым беспересадочный перелет Москва – остров Удд. За мужество и героизм, проявленные при осуществлении перелета Москва – остров Удд, Байдуков был удостоен звания Героя Советского Союза. Спустя непродолжительное время, в 1937 году, экипаж в составе Чкалова, Байдукова и Белякова совершил выдающийся перелет Москва – Северный полюс – Ванкувер (США).

В годы Великой Отечественной войны Георгий Филиппович командовал авиадивизией и авиакорпусом. Под его командованием авиасоединения участвовали в крупнейших сражениях Великой Отечественной войны: операциях в районе Ржева, освобождении Белгорода, Харькова, Киева, Корсунь-Шевченковской, Белорусской, Восточно-Прусской, Берлинской и других стратегических операциях. В послевоенное время Байдуков служил на командных должностях в ВВС.

Выдающегося советского летчика и военачальника не стало 28 декабря 1994 года.