Согласно постановлению правительства Российской Федерации, подушевой норматив финансирования в расчете на одного человека в 2009 г. должен составить 7.633 руб., однако, в региональной программе он намного ниже - 5.873 руб. В результате дефицит программы составил почти 24,5%.

Кроме того, территориальная программа не содержит обязательного положения о сроках ожидания медицинской помощи, предоставляемой в плановом порядке. В программе отсутствует перечень лекарственных средств, которые должны отпускаться населению по рецептам бесплатно и со скидкой в 50%. Есть и еще ряд нарушений, которые, по мнению региональной прокуратуры, нарушают право граждан на охрану здоровья и медицинскую помощь. Эти претензии депутатам прокуратура высказывала при обсуждении программы в региональном парламенте еще в 2008 году. Парламентарии и глава областного комитета по здравоохранению Евгений Онищенко, который присутствовал на заседании думы, обещали, что вернутся к этому вопросу в начале 2009 года. Большинством голосов программа была принята. Однако, на первом заседании областной думы, которое состоялось 29 января, этот вопрос не поднимался, после чего прокуратура потребовала устранить все нарушения.